Το Ναυτικό Μουσείο Αιγαίου βρίσκεται στα Τρία Πηγάδια στη Χώρα Μυκόνου, στην οδό Ενόπλων Δυνάμεων. Στεγάζεται σε ένα κυκλαδίτικο κτίριο του 19ου αιώνα και λειτουργεί στο νησί από το 1985. Τον Δεκέμβριο του 1987 ο ιδρυτής και πρόεδρος του Δ.Σ., ο αείμνηστος Μυκονιάτης Γεώργιος Δρακόπουλος τιμήθηκε για την ίδρυση του Μουσείου με το βραβείο της Ακαδημίας Αθηνών.
Το κτίριο αυτό ανήκε κάποτε στον θρυλικό πλοίαρχο Νικόλαο Σουρμελή, ο οποίος με το εμπορικό του πλοίο ”Ένωσις ” βοήθησε σημαντικά τους Κρητικούς στον γώνα τους κατά των Τούρκων. Στον εσωτερικό του χώρο μπορείτε να δείτε πολλά εκθέματα που έχουν σχέση με τη βαρυσήμαντη ναυτική ιστορία του νησιού.Επίσης στα εκθέματα του μουσείου περιλαμβάνονται ομοιώματα πλοίων από την προ-Μινωική περίοδο μέχρι τις αρχές του 20ου αιώνα, ιστορικά ναυτιλιακά έγγραφα, σπάνια χαρακτικά και χάρτες, αρχαία αντικείμενα, ναυτικά όργανα, εξαρτήματα και εργαλεία, καθώς και νομίσματα με ναυτικά θέματα από τον 5ο αιώνα π.Χ. ως τον 5ο αιώνα μ.Χ.
Η βιβλιοθήκη του Μουσείου αποτελείται από 5.000 περίπου σπάνια βιβλία, παλαιών και νεώτερων εκδόσεων, και περιλαμβάνει αρχείο χειρόγραφων και φωτογραφιών το οποίο συνεχώς εμπλουτίζεται. Στον κήπο του Μουσείου υπάρχουν μαρμάρινα αντίγραφα επιτυμβίων στηλών με ανάγλυφες παραστάσεις από τη Δήλο και τη Μύκονο, που αναφέρονται σε ναυάγια και ναυτικούς που χάθηκαν στη θάλασσα.
Αξίζει να σημειωθεί οτι το Ναυτικό Μουσείο Αιγαίου ανέλαβε τη διάσωση και τη συντήρηση αρκετών ζωντανών ιστορικών ευρημάτων, όπως είναι ο Φάρος ” Αρμενιστής ” κατασκευής 1890, το αιγαιοπελαγίτικο ιστιοφόρο ” Ευαγγελίστρια ” ναυπήγησης 1940, και το καλωδιακό ατμόπλοιο ” Θαλής ο Μηλίσιος ” ναυπήγησης 1909, τα οποία αποκατέστησε, και σήμερα λειτουργούν και πάλι με την τεχνολογία της εποχής τους. Ο Φάρος ” Αρμενιστής ” βρίσκεται στον κήπο του Μουσείου, ενώ η ” Ευαγγελίστρια ” και ο ” Θαλής ο Μηλίσιος ” φιλοξενούνται από το Πολεμικό Ναυτικό στο Τροκαντερό, στη μαρίνα του Παλαιού Φαλήρου.